Las compañías aéreas no se fijan en si los billetes han sido adquiridos por empresas. Al final, el que viaja es el usuario final, y esa persona es quién tendrá derecho a una indemnización.
En todo caso si has viajado con un billete pagado por la empresa en un vuelo que haya sufrido un percance, podrás reclamar por él, pero nuestra recomendación es que hables con la empresa para que no tengas problemas sobre el dinero que recibirás.